Ich hab herausgefunden woran es lag: die Flatpak Dokumentendatenbank war korrupt. Hat also nichts mit Portfolio Performance zu tun.
Sollte jemand anderes das gleiche Problem haben, hier wird die Lösung beschrieben: Documents db gets cleared, breaking xdg-document-portal · Issue #627 · flatpak/xdg-desktop-portal · GitHub
Einfach die documents datei löschen, dann geht es wieder.
Bin dem ganzen mit journalctl auf die Schliche gekommen
xdg-document-portal[33935]: error: Failed to load db from ‘/home/username/.local/share/flatpak/db/documents’: invalid gvdb header