Ich hab jetzt noch ein wenig herumgespielt, hab´s aber im Moment aufgegeben. Zwar funktioniert das Programm, wenn ich dem Benutzer nur Schreibrechte auf das configuration Verzeichnis gebe, allerdings werden dann bestimmte Funktionen, wie z.B. die Darstellung der Bestände nicht mehr ausgeführt. Es wird eine Fehlermeldung angezeigt, dass das Paket libwebkitgtk-1.0-0 nicht installiert sei. Das liegt aber natürlich vor. Es hapert lediglich an den Zugriffsrechten, da die übrigen Dateien dem Benutzer root gehören. Anscheinend gibt es noch mehr Verzeichnisse, auf die der Benutzer exklusiven Zugriff haben muss.
Das Programm liegt jetzt auf /opt und der Benutzer hat volle Zugriffsrechte. Nach Unix Konventionen eigentlich ein Fremdkörper, aber naja, was soll man machen. 
Ich hatte ursprünglich vor, ein Paket für Debian zu bauen (nur so für mich, um es über das Paketmanagement pflegen zu können), als ich das tar.gz gesehen habe aber so wie ich das sehe ist Portfolio Performance anscheinend nicht für Multiuserbetrieb ausgelegt d.h. eine Installation lässt sich nicht von mehreren Benutzen parallel verwenden sondern für jeden Benutzer muss eine volle Installation verfügbar sein. Da erübrigt sich auch der Paketbau, weil sich Portfolio Performance (oder eben halt Eclipse) nicht an die üblichen Konventionen hält. Ich könnte jetzt zwar noch versuchen, das ganze über eine passende Gruppenzugehörigkeit zu lösen aber das fliegt mir dann sicher an einer anderen Stelle auch wieder um die Ohren. 
Nichts desto trotz, ein klasse Programm.