Ich glaube wir diskutieren hier zwei verschiedene Sachen:
Ja, ab und an scheint es Problem beim Speichern zu geben. Wenn ich wüsste woran das liegen könnte, würde ich das sofort beheben. 
Bei mir selber ist das noch nie aufgetreten. Und alle meine Überlegungen was das schief gehen könnten (und was ich darum im Code geändert habe), haben wohl noch nicht gefruchtet.
Darum schreibt PP standardmässig zwei weitere Backups. Einmal wenn es eine Datei erfolgreich öffnen konnte. Und einmal in dem es vor dem Speichern die Datei umkopiert.
In Deinem Fall würde ich die beiden kaputten Dateien löschen. Und die noch funktionierende wieder PP.portfolio umbenennen. Dann sollten auch Deine Einstellungen wieder funktionieren.
Die andere Fragen ist wie macht man einen Backup. Backup im Sinne von einer anderen Festplatte (falls die normale Festplatte kaputt geht) oder einem anderen Rechner (falls die Hütte abbrennt oder der Rechner geklaut wird). Dazu speichere ich persönlich meine Datei in dem Dropbox Verzeichnis (natürlich verschlüsselt). Man kann (optional) auch die Settings in einer Datei “PP.settings” speichern lassen. In dieser Datei sind keine Buchungen, keine Rechnungen oder so gespeichert, sondern GUI Einstellungen wie aufgeklappte Knoten, die Startseite, und ein paar (nicht mehr alle) Spaltenbreiten und Spaltenreihenfolgen.