Das kann nicht sein, wenn du die Datei nicht richtig überträgst, dann würdest du einen Fehler beim öffnen haben. Du kannst ja Mal die Dateigröße vergleichen aber, dass du genau sauber beim Kopieren durch einen Fehler genau einen kompletten Block löschst, halte ich für ausgeschlossen und hinzugefügt schon gar nicht!
Wahrscheinlich hast du einfach andere Filter und hast es dadurch ausgefiltert. Nimm Mal die .settings Datei mit rüber. Ggf. musst du die in den Einstellungen aktivieren und einmal speichern.
Warum du die automatische Backup Kopie ausschalten möchtest erschließt sich mir nur nicht. Selbst habe ich die noch nie benötigt und lege zusätzlich eigene Backups an, aber bei dem ein oder anderen Nutzer war das automatische Backup schon sehr hilfreich. Gab Fälle bei denen die Hauptdatei beschädigt war und diese User kein eigenes Backup angelegt hatten und somit ohne das automatische aufgeschmissen gewesen wären.
Mein Hauptrechner schreibt per cronjob, der ein shell-Skript aufruft, jede Nacht wichtige Verzeichnnisse, darin auch PP-Dateien, auf einen meiner Backupserver. Ich brauche sie schlichtweg nicht.