Gerade ein wenig gegoogelt, nachstehender Zusatz beim Aufrufen der PortfolioPerformance.exe ändert das Zahlenformat von 1.234,56 auf 1’234.56 . Hilft das?
PortfolioPerformance.exe -nl de_CH
Java bzw. Eclipse orientiert sich nicht an den Vorgaben vom PC, daher hilft es auch nicht die Einstellungen bzgl. Zeilenformatierung anzupassen 
Gruß
Marco